В процессе приготовления сыра зачастую существует риск развития нежелательных микроорганизмов, которые в процессе своей жизнедеятельности изменяют его внешний вид, аромат  и вкус.. а что ещё хуже могут даже повлиять на безопасность продукта. Чтобы этого избежать и сохранить натуральность сыра, кроме обычных мер безопасности, таких как поддержание чистоты в процессе всего производства сыра (начиная от сбора молока и заканчивая конечным производством)и пастеризации, очень важно знать и правильно применять  защитные функции используемых в сыроделии культур.  Такую естественную защиту используют, например, для:

— борьбы с нежелательной плесенью (типа Mucor или синяя плесень) – GEO, сочетание дрожжей KL и CU, дрожжи DH

— борьбы с бактериофагами — Streptococcus thermophilus, устойчивые к бактериофагам штаммы молочнокислых (стартовых) бактерий, пользуются сменой

— подавления патогенных и условно-патогенных микроорганизмов (молочнокислые стартовые бактерии, некоторые NSLAB, все поверхностные бактерии)